Главным в системе кровли является и гидроизоляция. Для этого используют гидроизоляционные кровельные материалы, они защищают основную кровлю от поступления через неё влаги. Для современных материалов, в основу материала добавляют стеклохолст. Это один из самых дешевых вариантов, и представляет собой хороший гидроизоляционный материал. Его используют во многих кровельных материалов в виде основного гидроизоляционного барьера. Он намного, а именно в 5 раз прочнее картона и не подвергается гниению, поэтому срок службы этого материала очень велик. 

  Вторым самым эффективным гидроизоляционным слоем - основой является полиэстер, его отличительным качеством является то, что он хорошо сцепляется с битумом, что делает материал более прочным. Так же к гидроизоляционным кровельным материалам относиться и различные битумные смеси. Они намного дороже рубероида, но при этом просты в эксплуатации и имеют высокую долговечность. Одним из видов таких материалов является кровельная мастика, которую наносят на поверхность кровли в виде краски или вакуумным распылением.